Wer kennt das nicht, Thunderbird hat wieder einmal vergessen einen Ordner (nicht INBOX) abzurufen.
Ich habe mich endlich aufgerafft und eine Lösung gefunden.

Unter den Einstellungen -> Erweitert -> Allgemein gibt es den Button Konfiguration bearbeiten…, dort suchen wir nach dem folgenden String und setzen diesen per Doppelklick auf false.

If Thunderbird doesn’t recognize that a folder contains unread messages try setting mail.imap.use_status_for_biff = false. It causes Thunderbird to explicitly select each folder to update the message summaries, rather than use the STATUS command. It has more overhead, but some IMAP servers don’t return STATUS correctly.

Ebenfalls können wir mit einer Änderung alle Ordner und Unterordner abrufen lassen, wir stellen per Doppelklick diesen Wert auf true.

Nach einem Neustart von Thunderbird sollte dieser nun alle Unterordner auf neue Nachrichten überprüfen.